功能数据库

2013年10月26日

1.KEGG
京都基因和基因组百科全书(KEGG)是系统分析基因功能,联系基因组信息和功能信息的知识库。基因组信息存储在GENES数据库里,包括完整和部分测序的基因组序列;更高级的功能信息存储在PATHWAY数据库里,包括图解的细胞生化过程如代谢、膜转运、信号传递、细胞周期,还包括同系保守的子通路等信息;KEGG的另一个数据库是LIGAND,包含关于化学物质、酶分子、酶反应等信息。KEGG提供了Java的图形工具来访问基因组图谱,比较基因组图谱和操作表达图谱,以及其它序列比较、图形比较和通路计算的工具,可以免费获取。

KEGG的网址是:。

2. DIP

相互作用的蛋白质数据库(DIP)收集了由实验验证的蛋白质-蛋白质相互作用。数据库包括蛋白质的信息、相互作用的信息和检测相互作用的实验技术三个部分。用户可以根据蛋白质、生物物种、蛋白质超家族、关键词、实验技术或引用文献来查询DIP数据库。

DIP的网址是:。

3. ASDB

可变剪接数据库(ASDB)包括蛋白质库和核酸库两部分。ASDB(蛋白质)部分来源于SWISS-PROT蛋白质序列库,通过选取有可变剪接注释的序列,搜索相关可变剪接的序列,经过序列比对、筛选和分类构建而成。ASDB(核酸)部分来自Genbank中提及和注释的可变剪接的完整基因构成。数据库提供了方便的搜索服务。

ASDB的网址是:。

4. TRRD

 转录调控区数据库(TRRD)是在不断积累的真核生物基因调控区结构-功能特性信息基础上构建的。每一个TRRD的条目里包含特定基因各种结构-功能特性:转录因子结合位点、启动子、增强子、静默子、以及基因表达调控模式等。TRRD包括五个相关的数据表:TRRDGENES(包含所有TRRD库基因的基本信息和调控单元信息);TRRDSITES(包括调控因子结合位点的具体信息);TRRDFACTORS(包括TRRD中与各个位点结合的调控因子的具体信息);TRRDEXP(包括对基因表达模式的具体描述);TRRDBIB(包括所有注释涉及的参考文献)。TRRD主页提供了对这几个数据表的检索服务。
TRRD的网址是:。 

5. TRANSFAC
TRANSFAC数据库是关于转录因子、它们在基因组上的结合位点和与DNA结合的profiles的数据库。由SITE、GENE、FACTOR、CLASS、MATRIX、CELLS、METHOD和REFERENCE等数据表构成。此外,还有几个与TRANSFAC密切相关的扩展库:PATHODB库收集了可能导致病态的突变的转录因子和结合位点;S/MART DB收集了与染色体结构变化相关的蛋白因子和位点的信息;TRANSPATH库用于描述与转录因子调控相关的信号传递的网络;CYTOMER库表现了人类转录因子在各个器官、细胞类型、生理系统和发育时期的表达状况。TRANSFAC及其相关数据库可以免费下载,也可以通过Web进行检索和查询。

TRANSFAC的网址是:

来源:长沙凯诺生物科技有限公司

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